Selected Publications
Lodato lab members in red
2024
ATM-deficiency-induced microglial activation promotes neurodegeneration in ataxia-telangiectasia
J. Lai, Demirbas, D., J. Kim, A. M. Jeffries, A. Tolles, Park, J., T. W. Chittenden, P. G. Buckley, T. W. Yu, M. A. Lodato# and E. A. Lee#
Cell Reports 43, 113622
2023
Single-cell transcriptomic and genomic changes in the aging human brain
A. M. Jeffries*, T. Yu*, J. S. Ziegenfuss, A. Tolles, Y. Kim, Z. Weng#, and M. A. Lodato#
bioRxiv 2023.11.07.566050; doi: https://doi.org/10.1101/2023.11.07.566050
​
Somatic mutations, genome mosaicism and aging
M. A. Lodato# and J. Vijg#
Frontiers in Aging 3, 1115408 10.3389/fragi.2022.1115408
2022
Somatic genomic changes in single Alzheimer's disease neurons
M. B. Miller*, A. Y. Huang*, J. Kim, Z. Zhou, S. L. Kirkham, E. A. Maury, J. S. Ziegenfuss, H. C. Reed, J. E. Neil, L. Rento, S. C. Ryu, C. C. Ma, L. J. Luquette, H. M. Ames, D. H. Oakley, M. P. Frosch, B. T. Hyman, M. A. Lodato#, E. A. Lee#and C. A. Walsh#
Nature 604, 714-722 10.1038/s41586-022-04640-1. Covered in The Boston Globe, AlzForum, U.S. News and World Report, and others.
​
Persistent DNA damage associated with ATM kinase deficiency promotes microglial dysfunction
J. Bourseguin, W. Cheng, E. Talbot, L. Hardy, J. Lai, A. M. Jeffries, M. A. Lodato, E. A. Lee and S. V. Khoronenkova
Nucleic Acids Research 50, 2700-2718 10.1093/nar/gkac104
S. Choudhury, A. Y. Huang, J. Kim, Z. Zhou, K. Morillo, E. A. Maury, J. W. Tsai, M. B. Miller, M. A. Lodato, S. Araten, N. Hilal, E. A. Lee#, M. H. Chen# and C. A. Walsh#
Nature Aging 2, 714-725 10.1038/s43587-022-00261-5
J. Kim, A. Y. Huang, S. L. Johnson, J. Lai, L. Isacco, A. M. Jeffries, M. B. Miller, M. A. Lodato, C. A. Walsh# and E. A. Lee#
Nature Communications 13, 5918 10.1038/s41467-022-33642-w
The two faces of DNA oxidation in genomic and functional mosaicism during aging in human neurons
J. S. Ziegenfuss and M. A. Lodato
Frontiers in Aging 3, 991460 10.3389/fragi.2022.991460
L. J. Luquette*, M. B. Miller*, Z. Zhou, C. L. Bohrson, Y. Zhao, H. Jin, D. Gulhan, J. Ganz, S. Bizzotto, S. Kirkham, T. Hochepied, C. Libert, A. Galor, J. Kim, M. A. Lodato, J. I. Garaycoechea, C. Gawad, J. West, C. A. Walsh# and P. J. Park#
Nature Genetics 54, 1564-1571 10.1038/s41588-022-01180-2
​
2020
APP gene copy number changes reflect exogenous contamination
J. Kim, B. Zhao, A. Y. Huang, M. B. Miller, M. A. Lodato, C. A. Walsh# and E. A. Lee#
Nature 584, E20-E28 10.1038/s41586-020-2522-3
​
2019
Linked-read analysis identifies mutations in single-cell DNA-sequencing data
C. L. Bohrson, A. R. Barton, M. A. Lodato, R. E. Rodin, L. J. Luquette, V. V. Viswanadham, D. C. Gulhan, I. Cortes-Ciriano, M. A. Sherman, M. Kwon, M. E. Coulter, A. Galor, C. A. Walsh and P. J. Park
Nature Genetics 51, 749-754 10.1038/s41588-019-0366-2
M. A. Lodato and C. A. Walsh
Human Molecular Genetics 28, R197-R206 10.1093/hmg/ddz191
2018
Aging and neurodegeneration are associated with increased mutations in single human neurons
M. A. Lodato*, R. E. Rodin*, C. L. Bohrson*, M. E. Coulter*, A. R. Barton*, M. Kwon*, M. A. Sherman, C. M. Vitzthum, L. J. Luquette, C. Yandava, P. Yang, T. W. Chittenden, N. E. Hatem, S. C. Ryu, M. B. Woodworth, P. J. Park# and C. A. Walsh#
Science 359, 555-559 10.1126/science.aao4426. Covered in Yahoo! News, GenomeWeb, and others.
2017
M. J. McConnell, J. V. Moran, A. Abyzov, S. Akbarian, T. Bae, I. Cortes-Ciriano, J. A. Erwin, L. Fasching, D. A. Flasch, D. Freed, J. Ganz, A. E. Jaffe, K. Y. Kwan, M. Kwon, M. A. Lodato, R. E. Mills, A. C. M. Paquola, R. E. Rodin, C. Rosenbluh, N. Sestan, M. A. Sherman, J. H. Shin, S. Song, R. E. Straub, J. Thorpe, D. R. Weinberger, A. E. Urban, B. Zhou, F. H. Gage, T. Lehner, G. Senthil, C. A. Walsh, A. Chess, E. Courchesne, J. G. Gleeson, J. M. Kidd, P. J. Park, J. Pevsner, F. M. Vaccarino and N. Brain Somatic Mosaicism Network
Science 35610.1126/science.aal1641
M. A. Sherman, A. R. Barton, M. A. Lodato, C. Vitzthum, M. E. Coulter, C. A. Walsh and P. J. Park
Nucleic Acids Research10.1093/nar/gkx1195
2015
Somatic mutation in single human neurons tracks developmental and transcriptional history
M. A. Lodato*, M. B. Woodworth*, S. Lee*, G. D. Evrony, B. K. Mehta, A. Karger, S. Lee, T. W. Chittenden, A. M. D'Gama, X. Cai, L. J. Luquette, E. Lee, P. J. Park# and C. A. Walsh#
Science 350, 94-8.
Covered in the Wall Street Journal, The Atlantic, Science, Scientific American, and others.
Full List of Publications
​
​